Dyskusja o rasie munchkin trwa w sieci. Dyskutanci są zgodni, co do tego, że koty tej rasy, choć piękne, miłe i bardzo towarzyskie, to jednak narażone są na choroby wynikające z ich wady genetycznej. Częściej zapadają na nowotwory i dokucza im łamliwość kości. Żyją znacznie krócej niż inne koty rasowe i kociaki nierasowe.
Do problemów rasy munchkin dochodzi postępująca wraz z wiekiem głuchota. Bardzo dużym problemem jest wysoka śmiertelność wśród kociąt. Internauci raczej nie są zainteresowani posiadaniem takiego kota. Zwracają uwagę na fakt, że organizacje międzynarodowe takie jak: FIFe, CFA i GCCF nie uznały tej rasy i rekomendują zakaz rozmnażania. Jest dużo innych oryginalnych ras, które nie mają uszkodzonych genów. Internauci zgadzają się z ekspertami z wyższej wymienionych organizacji, że dla dobra tych zwierząt należy znacznie ograniczyć ich rozmnażania, a nawet zakazać dalszych prób udoskonalania tej rasy. Za daleko człowiek posunął się w misji tworzenia idealnych, ślicznych kocich ras.