Natura stworzyła rasy odporne na większość chorób, natomiast większość ras zwierząt powstających z krzyżówek innych ras zapada na dużo chorób. Niestety, człowiek chcąc wyhodować piękną rasę nie jest w stanie przewidzieć, z jakimi dolegliwościami będzie się dany osobnik zmierzać.
Tak jest również w przypadku kotów egzotycznych. Rasą dość często zapadającą na choroby jest kot himalajski. Zazwyczaj ma on problemy okulistyczne. Często łzawi, ponieważ w wyniku skrzyżowania dwóch ras odziedziczył krótki nos. Najczęściej zapada na zaćmę, która może dotyczyć jednego lub obydwu oczu. Jest to poważna choroba, ponieważ w większości przypadków prowadzi do ślepoty. Kolejnym schorzeniem są problemy dermatologiczne. Grzybice i różne zapalenia skóry dotykają tą rasę najczęściej. Są to uciążliwe dolegliwości, ponieważ dotykają osobniki o obniżonej odporności (chorujące na inne choroby, w okresie ciąży, karmienia). Leczy się je zewnętrznie poprzez podanie maści z antybiotykiem, ale proces sprawdzenia, jaki to jest szczep bakterii lub grzyba jest bardzo czasochłonny.